ニュートン[注 3]は、ユリウス暦1642年12月25日にイングランド東海岸の州 リンカンシャーの小都市グランサム郊外の寒村ウールスソープ＝バイ＝カールスターワース（英語版）[注 4]で生まれた[1]。父の名は同名のアイザック・ニュートンである[1]。母であるハナ・アスキューは、出産の3か月前に夫とは死別しており、自身の実家にて出産した[1]。ニュートンは未熟児であったとされ、産婆には「この子は長生きすまい」とさえ言われたという[1]。

生前の実父は、ヨーマン（独立自由農民）と貴族との中間的な身分[注 5]であり、郷士のような存在であった。農園を営み、37歳のときに近郊の農家の娘だったハナ・アスキューと結婚した。バーナバス・スミス（ニュートンの義父。後述）によると、実父アイザックは「粗野な変人」であったとされる。

ニュートンが3歳のとき、母ハナ・アスキューは近隣の牧師のバーナバス・スミスと再婚した[注 6]。このとき、ニュートンは生母の元から離れて、祖母に養育されることになり、幼くして両親を知らぬ子となった[1]。母親が再婚した理由のひとつは、ニュートンの養育費を得ることでもあったとされる[1]。ニュートンは母の再婚に反発し、「放火して家ごと焼き殺す」などと恫喝さえしたという。後年のニュートンは、この一時の激情に駆られた発言を悔いて、実母とは付かず離れずの関係を保ちつつも、その晩年の世話をしたとされる。